菲爾普斯是Deborah Phelps的第三個小孩，喜歡問媽媽各式各樣的問題，總是希望能夠成為旁人目光的焦點。從小，他的老師就開始抱怨他總是不能乖乖地坐下來一段時間，不能安份地把手收在身邊，常常笑嘻嘻地用身體碰碰身邊的小朋友，以獲得他們的注意。
菲爾普斯的母親(以下稱菲爾普斯媽媽)回憶道：「幼稚園的時候，他的老師告訴我說，他總是不能安分地坐著，不能安靜下來，並且心不在焉。我對老師說，或許是他覺得學校的課程不是那麼有趣。老師只是回應我說：『噢，應該是他沒有天賦吧。』我告訴她我不這麼認為，但是她並不喜歡我的反應。我自己也是一位老師，因此我並沒有再挑戰她的意見，我只對她說：『那你打算如何幫助他學習呢？』」
關於菲爾普斯小學時的成績，大多是B跟C以及少許的D，菲爾普斯媽媽說他對於喜愛的科目則表現得很好，多是關於體育以及需要動手操作的科目(例如科學實驗)：「他會花時間閱讀，但是他並不喜歡閱讀，所以我讓他讀巴爾的摩太陽報的體育版，儘管他常常都只看看上面的圖片跟標題。」
菲爾普斯媽媽永遠無法忘記曾有一位老師對她說：「你的兒子永遠無法專注在任何事情上的。」 菲 菲 菲爾普斯就讀小學的這段時間，對菲爾普斯媽媽來說，是一段辛苦的日子，與從事軍職的丈夫離婚；同時因為職務上的需求，必須回到學校攻讀碩士學位，然後還必須扮演好全職母親的角色。
菲爾普斯小學時，常因為他與一般人稍稍不同的體形而被其他的同學欺負霸凌，有一次在校車上為了反抗同學的欺負，還因此而被禁搭校車好多天。 在菲爾普斯小學五年級的時候，醫生與菲爾普斯媽媽談到菲爾普斯可能有注意力不足過動症的問題，醫生建議她給菲爾普斯的老師們填寫檢測量表，老師們共同的回應是：坐不下來，無法安靜下來，無法集中注意力。 九歲的時候，菲爾普斯開始服用利他能，菲爾普斯媽媽認為這對他至少有些幫助：「他可以保持更長的專注力，可以較安份地完成他的功課，雖然他的成績還是會拿到一些B跟C，不過，如果他的作業規定至少要寫四行的話，那麼他就會寫四行。」 兩年後，菲爾普斯要求停藥，理由是為了服藥，他必須每天中午到保健室跟護士拿藥，這讓他覺得被其他同學貼上標籤，他告訴媽媽說：「我的朋友都不用這麼做(到保健室拿藥)，我再也不要這樣了(原載於8月10日的New York Times專訪Phelps母親文，翻譯者為本會志工，原文網址：http://www.nytimes.com/2008/08/10/sports/olympics/10Rparent.html?_r=2&oref=slogin&oref=slogin)
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